В VII века до нашей эры здесь, на западном берегу Боспора Киммерийского — Керченского пролива, выходцы из ионийского города Милета основали поселение Пантикапей. Эта первая торговая фактория со временем стала крупнейшим античным городом в Восточном Крыму.
Возникновение Пантикапея положило начало колонизации крымского побережья эллинами.
Объединив вокруг себя к 480 г. до нашей эры все греческие колонии на Керченском полуострове и прилегающие земли, населенные местным населением, Пантикапей в течение 900 лет являлся столицей могущественного Боспорского рабовладельческого государства, расположенного по обе стороны пролива.
В начале II века до нашей эры Боспорское царство стало приходить в упадок, и его царь Перисад решил передать власть могущественному правителю Понты Митридату VI Евпатору.
И поплатился за это: в 107 г. до нашей эры жители Пантикапея убили Перисада и провозгласили царём скифа Савмака. Возмущённый Митридат направил в Таврику свою армию и флот во главе с полководцем Диофантом. Тот овладел Феодосией, а затем, после многодневных битв, и Пантикапеем. Боспорское царство оказалось в составе Понтийского государства.После гибели Митридата (63 г. до нашей эры) Пантикапей попал в зависимость от Рима. В IV веке нашей эры он разделил судьбу других городов — был разрушен нахлынувшими в Крым гуннами.
И всё же город возродился, получив при этом новое название — Боспор. В VI веке нашей эры он стал крепостью Византии, в VIII в. оказался под властью хазар, захвативших весь полуостров. Те дали городу своё название — Карша, или Чарша (рынок — тюркское).Во время господства хазар на побережье Керченского пролива проникают славяне, которые на своих лодках- однодеревках бесстрашно бороздили воды Чёрного и Азовского морей . В арабских источниках упоминаются «азовские и боспорские русы», которым Хазарский каганат около 900-го года уступил несколько островов. О русских поселениях на берегу Керченского пролива позднее говорилось в договоре Киевской Руси с Византией.
Из летописи известно, что во время похода князя Олега на Константинополь в 913–914 гг. через Киммерийский (Русский) пролив прошлого около пятисот его судов (низовье Днепра ниже порогов было перекрыто печенегами).
Многочисленные опустошительные войны, неумолимое время разрушили некогда мощные крепостные стены и башни, величественные дворцы и дома жителей Пантикапея и Боспора. Остались лишь отдельные памятники, в частности захоронения боспорской и скифской знати в виде огромных курганов с погребальными камерами. Среди этих уникальных памятников, дошедших до наших дней, Царский курган — грандиозная усыпальница, сооружённая в IV в. до н. э., знаменитые курганы Куль-Оба, Золотой и Мелек-Чесменский с их бесценными сокровищами, пополнившими богатства Петербургского Эрмитажа.
В X–XII вв. город под названием Корча, Корчева (корча — кузница) был морскими воротами Тмутараканского княжества, входившего в состав Киевской Руси.
В течение полутора столетий (XIV–XV вв.) Керчь, переименованная в Черкио, принадлежала генуэзцам. В 1475 г. город, как и другие генуэзские владения, захватили турки-османы. Они превратили Керчь в свою крепость, а затем построили ещё одну — Ени-Кале.
Постепенно некогда цветущий торговый город превратился в небольшое селение, в котором уже почти ничто не напоминало о древнем Пантикапее.
Город развивался медленно, несмотря на то, что ещё в 80-е гг. XVIII столетия здесь были открыты залежи железной руды. В начале XIX в. в нём насчитывалось всего 250 жителей. Постепенно Керчь стала расти лишь в начале нынешнего столетия, когда появились первые предприятия — две небольшие доменные печи, чугунолитейный завод, табачная фабрика и другие.
В 1908 г. Керченский пролив был углублён — в нём прорыли морской канал, и в Азовское море стали входить крупные суда, а вместе с тем оживился и Керченский порт. Славилась Керчь и рыболовством. Только знаменитой в прошлом керченской сельди, как сообщалось в книге, изданной в 1914 г., «извлекается из пролива ежегодно около 5 млн. штук».
Как промышленный центр Керчь стала развиваться с конца 20-х годов. В апреле 1929 г. была введена в действие первая домна металлургического завода, десять лет спустя в строй вступили коксохимический завод, агрофабрика, судоремонтный завод, электростанция: Росло и население города: по переписи 1939 г. здесь насчитывалось 104,5 тыс. жителей.
В Великую Отечественную войну город дважды покрывался мраком фашистской оккупации и дважды радовался своему освобождению.
Когда в декабре 1941г., после полуторамесячной оккупации, Керчь была освобождена, мир впервые узнал о страшных злодеяниях гитлеровцев — о Багеровском рве под Керчью, доверху заполненном телами семи тысяч расстрелянных, отравленных, замученных.
19 мая 1942 года Керчь вновь захватили немецко-фашистские войска, а на следующий день они оккупировали весь Керченский полуостров. Часть бойцов и командиров, прикрывавших переправу советских войск на Таманский полуостров, ушла в Аджимушкайские каменоломни, превратив их в подземную крепость. Подземный гарнизон боролся с врагом в неимоверно тяжёлых условиях. Для многих, очень многих аджимушкайцев катакомбы стали местом захоронения. В живых остались единицы. Это и за их, аджимушкайцев, подвиг Керчь в 1973 г. удостоена звания "Город-герой".
В первых числах ноября 1943 г. советские войска вновь подошли к Керченскому проливу. Северо-восточнее Керчи и в районе посёлка Эльтиген они высадили десанты, захватившие плацдармы. 10 апреля 1944 г. войска Отдельной Приморской армии под командованием генерала А.И. Еременко перешли в наступление и на следующий день освободили Керчь.